GENETİK HASTALIKLARI DEĞERLENDİRME MERKEZİ

Koç Üniversitesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı poliklinik ve laboratuvarları deneyimli çalışanları ve güncel teknolojiye erişimi ile sık ve nadir görülen genetik hastalıklarda tanı, genetik tetkiklerin planlanması, izlem ve genetik danışmaya yönelik bütünlüklü hizmet veriyor. Hizmetlerimiz temel olarak aşağıdaki başlıklar altında incelenebilir.

Gebelik öncesi ve gebelik döneminde genetik danışma:

Riskli gruplar

• Akraba evliliği yapmış olan çiftler
• Genetik riskleri iyi tanımlanmış etnik gruplara (ör. Aşkenazim) mensup olan çiftler

Kötü obstetrik öykü

• Tekrarlayan gebelik kayıpları (2 ya da daha fazla gebelik kaybı ya da ölü doğum öyküsü)
• Nedeni bilinmeyen yenidoğan ya da süt çocuğu ölümü öyküsü,
• Doğumsal anomaliler, nörolojik veya metabolik bulgularla kaybedilen çocuk ölüm öyküsü

Genetik hastalıklar açısından yüklü aile öyküsü

• Anne-baba adaylarında ya da akrabalarda genetik hastalık tanısı ya da şüphesi
• Anne-baba adayında bilinen genetik hastalık (ör. beta-talasemi, SMA) için mutasyon taşıyıcılığı
• Anne-baba adayında ya da aile öyküsünde kromozom anomalisi ya da translokasyon taşıyıcılığı
• Anne-baba adaylarında ya da akrabalarda doğumsal anomali (yarık dudak, fazla parmak, doğumsal kalp anomalisi), sağırlık, görme kaybı, zekâ geriliği, otizm vb. durumların varlığı
• Aile öyküsünde kalıtsal kanser sendromları, metabolik hastalık, kas hastalığı ya da erişkin yaşın nörolojik hastalıkları açısından pozitif öykü
• Risk faktörü taşımayan ancak gebelik öncesinde ya da gebelikte genetik riskler ve tetkikler hakkında bilgi edinmek isteyen çiftler

Süregelen gebelikle saptanan risk faktörleri

• Ileri anne yaşı (35 ve üstü) ve ileri baba yaşı (45 ve üstü)
• Tarama testlerinde (1. trimester kombine tarama testi, serbest fetal DNA tarama testi vb.) risk artışı olan gebelikler
• Ultrasonda birden fazla minör belirteç saptanan gebeler (hiperekojen barsak, ekojen intrakardiyak fokus vb.)
• Ultrason ile anne karnındaki bebekte fetal yapısal anomali (NT artışı, kalpte delik, yarık dudak, fazla parmak, kol ve bacak anomalileri vb.) saptanması

Genetik tarama testleri ve danışma

• Çocukluk çağının X’e bağlı ve otozomal resesif genetik hastalıkları açısından moleküler tarama

Çocukluk çağının genetik hastalıkları:

• Doğumsal anomaliler

(Katarakt, yarık damak ve/veya dudak, doğumsal kalp hastalıkları, diyafram hernisi, üreme organı anomalileri, kafatası şeklinde bozukluk, kontraktürler, eksik ya da fazla parmak, kol ve bacak anomalileri, spina bifida, skolyoz vb.)

• Gelişimsel sorunlar

(Otizm, öğrenme güçlüğü, baş tutma, oturma, yürüme gibi becerilerin kazanılmasında gecikme, konuşmada gecikme gelişimsel becerilerin kaybı, kas gevşekliği, nöbetler, zekâ geriliği vb.)

• Duysal kusurlar

(Yüksek dereceli kırma kusurları, işitme kaybı, retinal hastalıklar, görme kaybı vb.)

• Kronik hastalıklar

(Metabolik hastalıklar, kanama bozuklukları, düşük doğum tartısı, büyüme-gelişme geriliği, diyabet, aşırı büyüme, erken yaşlanma, kistik fibroz vb.)

• Genetik sendrom şüphesi

(Down sendromu, Williams sendromu, Noonan sendromu, Frajil-X sendromu, DiGeorge sendromu, Angelman sendromu, Prader-Willi sendromu vb.)

• İskelet displazileri

(Akondroplazi, Osteogenezis imperfekta vb.)

• Çocukluk çağı kanserleri

(Retinoblastom, Wilms tümörü vb.) ve kanser riskinin arttığı nadir dismorfik sendromlar

• Hematolojik hastalıklar

(Akdeniz anemisi, Orak hücreli anemi, Fanconi anemisi, Diamond-Blackfan anemisi, immün yetmezlikler/bağışıklık sistemi hastalıkları, Hemofili gibi kanama bozuklukları, kalıtsal trombosit bozuklukları)

• Deri bulguları ile giden hastalıklar

(Birden fazla sütlü kahve rengi leke, açık renk lekeler, kaş, saç ve kirpiklerde azlık ya da yokluk, terleyememe, epidermolizis bülloza, güneşe aşırı hassasiyet, diş ve tırnak anomalileri)


Erişkin yaşın genetik hastalıkları:
Erişkin yaşta başvuran hastaların önemli bir kısmını Nörofibromatozis tip 1, Tuberoz skleroz, Marfan sendromu ya da Ehlers-Danlos sendromu gibi bağ doku hastalıkları, iskelet displazileri, dismorfik sendromlardan ya da kromozom anomalilerinden etkilenmiş erişkin hastalar oluşturmaktadır.

Kanser genetiği:
Kanser genetiği hizmetleri, kendisinde, birinci derece yakınlarında ya da akrabalarında belirli kanser türleri olan bireylere verilmektedir. Bunların başında meme, yumurtalık, kalın bağırsak, pankreas, rahim, mide, bazı prostat ve tiroit kanserleri gelmektedir.

Üreme genetiği:
Adet görememe, erken menopoz, açıklanamayan erkek ve kadın infertilitesi (kısırlık, sperm sayısında azlık ya da yokluk), tekrarlayan gebelik kayıpları/düşükler, ölü doğumlar ya da açıklanamayan bebek ölümleri, IVF başarısızlığı ya da IVF öncesi değerlendirme, tekrarlayan mol gebelikler, cinsel gelişim kusurları (Androjen duyarsızlık sendromu, Konjenital adrenal hiperplazi vb.)

Nörogenetik:
Beyin malformasyonları (lizensefali, polimikrogiri, mikrosefali vb.), lökodistrofiler (kalıtsal beyaz madde hastalıkları), epilepsi (nöbetler), erken epileptik ensefalopati, Spinal musküler atrofi, kalıtsal nöropatiler (Charcot-Marie-Tooth hastalığı), bilişsel bozuklukların kalıtsal alt grupları (Alzheimer hastalığı gibi), zeka geriliği, yürüme ve konuşmada gecikme, otizm spektrumu bozukluklar, hareket bozuklukları (kalıtsal ataksiler, spastik paraplejiler, Huntington hastalığı)

Kas hastalığı genetiği: 
Duchenne/Becker kas distrofisi, Myotonik distrofi, Fasiyoskapulohumeral distrofi, doğumsal kas distrofileri ve diğer kalıtsal kas hastalıkları, konjenital myopatiler ve konjenital myastenik sendromlar.

Kardiyovasküler genetik:
Ailevi hiperkolesterolemi, kalıtsal aritmiler (uzun QT sendromu, Brugada, CPVT vb.), hipertrofik kardiyomyopatiler, idiyopatik dilate kardiyomyopati, doğumsal kapak anomalileri, kardiyak anomalilerle seyreden nadir genetik sendromlar (22q11.2 mikrodelesyon sendromu, Noonan sendromu, Williams sendromu, Costello sendromu, Turner sendromu, CHARGE sendromu, Cantu sendromu, Naxos sendromu vb.), kalıtsal aort ve diğer büyük damar hastalıkları (Marfan sendromu, Loeys-Dietz sendromu, ailevi aortik anevrizma vb.), ani ölüm aile öyküsü.

Tıbbi Genetik Anabilim Dalı klinik hizmetleri

Çocukluk çağının genetik hastalıkları

• Sendromoloji: Doğumsal malformasyonlarla seyreden nadir genetik hastalıkların tanı ve izlemi
• Dismorfoloji: Yüz anomalileri ile seyreden genetik hastalıklarda tanı, izlem ve genetik danışma
• Ekstremite anomalilerinde (el, ayak, kol ve bacaklarda anomaliler) genetik tanı
• Boy kısalığı ve büyüme-gelişme geriliğinde genetik değerlendirme, tanı ve izlem
• Bilişsel gerilik, otizm ve epilepsi ile giden nörolojik hastalıkların genetik tanısı ve genetik danışma
• Kalıtsal kalp hastalıklarında (aritmiler, kardiyomyopatiler vb.) genetik danışma ve genetik tanı
• Deri bulguları ile seyreden çocukluk ve erişkin çağ genetik hastalıklarında genetik tanı

 
Gebelikte ve gebelik öncesi genetik tanı ve danışmanlık hizmetleri

• Akraba evliliklerinde genetik danışma ve genetik tarama
• İnfertilite ve tekrarlayan gebelik kayıplarında genetik danışma ve tanı
• Genetik hastalıklar açısından yüksek riskli gebeliklerde genetik danışma ve genetik izlem
• Prenatal genetik tanı, yapısal anomalileri olan gebelikler, perinatoloji konseyleri
• Fetal & neonatal postmortem fizik muayene ve genetik tanı

Özel tanı gruplarında genetik tanı ve danışmanlık hizmetleri 

• Kanser genetiği (kalıtsal kanserlerde genetik danışma ve genetik tetkikler)
• Erişkin yaşın nörolojik hastalıkları
• Çocukluk ve erişkin çağın kas hastalıkları

Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi kapsamında laboratuvar hizmetleri

Sitogenetik ve moleküler sitogenetik tanı yöntemleri (karyotip/kromozom analizi ve FISH)

• Kanda, abort (düşük) materyalinde, deri gibi çeşitli doku ve doku kültürlerinde
• Prenatal tanıda kordosentez, amniyosentez ve koryon villus biyopsisi (CVS) örnek ve kültürlerinde
• Kemik iliği doku ve kültüründe (kanser sitogenetiği)

Moleküler genetik tanı yöntemleri

• SNP array analizi (300K)
• Klasik moleküler tanı: Sanger dizileme, MLPA, q-PCR ile delesyon/duplikasyon analizi
• Metilasyon analizleri, üçlü tekrar fragmentasyon analizleri
• Yeni nesil dizi panelleri, klinik ekzom analizi
• Tüm ekzom (WES) ve tüm genom (WGS) analizleri (yurtdışı bağlantılı)

 
Araştırma kapsamında fonksiyonel çalışmalar

• RNA ve protein düzeyinde
• Model organizma düzeyinde

Klinik genetik

Bölümümüzde hasta hizmetleri üç uzman hekim tarafından çocuk polikliniği içinde yerleşik muayene odamız ve kadın doğum polikliniği içinde yerleşik genetik danışma odamızda verilmektedir. Ekibimiz, bilişsel gerilik ve doğumsal malformasyonlarla seyreden nadir genetik sendromların tanısı, prenatal tanısı ve izleminde deneyimlidir. Kanser ve riskli gebelikler gibi gruplarda kişiye ya da aileye özgü genetik testlerin yapılması için hasta ve/veya ailesi genetik incelemelerin öncesi ve sonrasında detaylı genetik danışma ile bilgilendirilmekte, genetik riskleri açısından bütünlüklü olarak aydınlatılmaktadır.   

Laboratuvar genetik

Laboratuvarımızda hem prenatal hem de postnatal dönemde genetik hastalıklara tanı koymaya yönelik geniş kapsamlı genetik testler yapılmaktadır. Genetik Hastalıklar Tanı Merkezi laboratuvarımız, bu testlerin kalite standartlarına uygunluğu için akredite edilmiş, gerekli ileri teknoloji cihaz parkuru ile donatılmıştır. Laboratuvarımız klasik sitogenetik, moleküler sitogenetik ve moleküler genetik tanı için ayrı bölümlere ayrılmıştır ve her bölüm, alanında 10 yıldan fazla deneyimi olan bir klinik laboratuvar sorumlusu tarafından yönetilmektedir. Tanı testlerinin geri dönüş süresi Avrupa genelindeki büyük üniversite referans merkezleri ile aynıdır.

Sitogenetik ve moleküler sitogenetik bölümleri: Laboratuvarın sitogenetik ve moleküler sitogenetik bölümü hücre kültürü, sitogenetik analiz ve fluoresan in situ yöntemler için ayrı alanlar biçiminde düzenlenmiştir. Sitogenetik ve moleküler sitogenetik analizler, kanda, çeşitli doku ve doku kültürlerinde, ayrıca prenatal tanıda kordosentez, amniyosentez ve koryon villus biyopsisi (CVS) örnek ve kültürlerinde uygulanmaktadır. Kanser genetiğinde güncel yöntemler takip edilip uygulanmaktadır.

Moleküler genetik bölümü: Laboratuvarın moleküler genetik bölümünde, tek yönlü biçimde düzenlenmiş DNA izolasyon, PCR ve post-PCR odaları mevcuttur. Gerekli temel alt yapı cihazlarının yanı sıra, yeni nesil dizileme (NGS) teknolojileri kullanılarak yapılan çok çıktılı dizi ve mikrodizin analiz platformları (Illumina MiSeq Yeni nesil dizileme ve Illumina Iscan mikrodizin cihazları) bulunmaktadır. Moleküler genetik laboratuvarında, Sanger dizileme, MLPA ve q-PCR ile delesyon/duplikasyon analizleri gibi klasik tanı yöntemlerinin yanı sıra, metilasyon analizleri, dinamik mutasyon hastalıklarının tanı için üçlü tekrar fragmentasyon analizleri, kanser yatkınlığı, kalıtsal kalp hastalıkları ve Mendelyen kalıtılan hastalıklar gibi tanı gruplarına yönelik yeni nesil dizi panelleri rutin olarak kullanılmaktadır.
 
Merkezimiz Türkiye’de Fasiyoskapulohumeral distrofi moleküler tanısı yapan tek merkezdir ve bu yönde kullanılan Molecular Combing Sistemi laboratuvarımıza 2019 yılında entegre edilmiştir.

Biyoinformatik

Yüksek çıktılı dizi ve mikrodizin analizlerinin biyoinformatik etapları bölümümüzde gerçekleştirilmektedir. Varyantlar biyoinformatik uzmanı ve klinik genetik uzmanı tarafından birlikte değerlendirilmekte ve böylelikle tanı koyma yüzdesi artmaktadır. Bu analizler kapsamında ham verilerden dosya dönüştürülmesi, hizalanması ve analize hazır hale getirilmesi işlemleri gerçekleştirilmektedir. Bu sayede elde edilen genetik bilgi, hastalık tanısı konulmasında, resesif ve X’e bağlı kalıtılan hastalıklar için taşıyıcılık belirlenmesinde tanı amaçlı ve hastalıkla ilişkili yeni genlerin belirlenmesinde araştırma amaçlı kullanılabilmektedir.